对于新系统，在设备正式启动前，必须冲洗、清理干净整个管道系统（包含过滤器），施工要严格按照国际标准的相关规定。
对于改造系统，要仔细勘察现场情况，系统布置要做到结构紧凑，胶球管路短直、流畅，去除管路死角，减少系统的阻力损失。
在设备启动前，需彻底清理换热管内壁的污垢。对于机械捅刷无法清理的污垢，要采用化学清洗的方法，在进行机械捅刷，以保证换热管内壁清洁如新。
新胶球使用前应浸泡24小时，待胶球完全浸没到水里后，方可投入使用，以防止胶球投入清洗是积存在冷凝器顶部，无法收集。
胶球清洗装置至少每天投用一次，每次投用60分钟，收球60分钟。在确保收球率的前提下，收球时间可以改为30分钟，可视实际情况灵活增加和减少时间。
定期检查、排出积聚在冷凝器水室顶部的空气，避免形成涡流区，导致胶球在涡流区内回旋，难以进入冷却水管和流出冷凝器出口水室，最终影响收球率。另外，为确保集散过滤器（二次过滤器）的性能，通过加药处理来控制冷凝器中藻生物的数量，避免藻生物过多，干扰或阻止胶球进入盘管。
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